Mach' Dir nicht zu viele Vorwürfe, manche Wendungen und Motivationen werden nur unzureichend erklärt/bewusst für Interpretationen offengelassen/sind womöglich in der westlichen Übersetzung verschütt gegangen. Mein Verständnis für die Erzählung ist wie folgt (auch hier Lesen auf eigene Gefahr):
Wir wissen mit Sicherheit, dass die "alte" Oberwelt von dem Virus Asmodeus komplett ausradiert worden ist - kurz bevor Beruga seinen Plan umsetzen konnte, Unsterblichkeit für sich und seine handverlesene Schar aus Übermenschen zu erlangen. Hier stellt sich bereits die erste Frage: handelt es sich um einen irrwitzigen Zufall oder steckt eine göttliche Intervention (von Light Gaia?) dahinter? Im Falle der Richtigkeit der zweiten Option: was genau ist damit bezweckt worden? Beruga macht sehr deutlich, dass er für die ganzen Nicht-Auserwählten den Tod vorsieht, d.h. im Dienste des Bösen (Dark Gaia) steht, nur ist es wortwörtlich ein Austreiben des Teufels mit dem Beelzebub, gleich die ganze Welt (mitsamt der Flora, Fauna & Geographie! Was für ein Virus muss das sein, der sich auch noch durch Kontinente frisst) mit auszulöschen.
Daran schließt sich gleich die zweite Paradoxie an: der Dorfälteste ist, wie wir später herausfinden, Dark Gaia selbst, vulgo: der Teufel (also nicht aus der Ober-, sondern der Unterwelt). Aus irgendeinem Grund möchte er die Oberwelt wiedererwecken. Einerseits könnte man meinen, es gehe ihm dabei lediglich um die Wiederauferstehung Berugas, da stellt sich allerdings wieder das Cui bono? von vorhin: warum die Mühe, einen eigenen Gesandten aus dem Reich der Toten zu holen, wenn dieser lediglich beabsichtigt, die Welt in den Zustand zurückzubringen, in dem sie vor der ganzen Resurrektion stand? An einer anderen Stelle bringt Dark Gaia allerdings eine abgedroschene Phrase, nämlich die, dass ohne Licht kein Schatten denkbar sei - vielleicht ist damit gemeint, dass nach dem Ausbleiben der Oberwelt und Light Gaias das Kräftegleichgewicht in irgendeiner Art und Weise so aus dem Ruder geraten ist, dass die Wiederherstellung notwendig wurde. Wirklich ersichtlich wird allerdings nichts davon, weder der besondere Spleens Dark Gaias für Beruga, noch das gesamte Tohuwabohu um die Kette aus Weltzerstörungen -> Aufbaumaßnahmen -> erneuten Zerstörungen. Mein persönlicher Eindruck war, dass Beruga im Sinne der "schöpferischen Zerstörung" (Schumpeter) tätig wird, also in gewisser Weise einen kompromisslosen Fortschritt in die Wege leitet, wenngleich dieser über Leichen führt. Und dass das im Sinne eines Teufels im wortwörtlichen Sinne des Antagonisten (Widersacher) liegt. Bedauerlicherweise fehlt es zumindest in den westlichen Übersetzungen an genügend Informationen, um das Puzzle zufriedenstellend zu lösen.
Ark hat zwischenzeitig seine Pflicht im Sinne Dark Gaias erfüllt, darum wird er ja auch von Yomi begleitet: sowie die Figuren auf dem Brett positioniert sind, wie es sich der Leibhaftige wünscht, soll Ark beseitigt werden. Das wird aus bekannten Gründen vereitelt, auch wenn sich mir die Frage stellt, warum ausgerechnet der Light Ark seinen Gegenpart ermordet (da "begegnest" Du ihm auch). Sicher ist jedenfalls, dass Ark sich gegen Ende hin gegen den erklärten Willen seines Schöpfers und Meisters stellt, folglich also Gutes schafft, indem er sich vom Bösen abwendet - es sei denn, auch das ist Teil des Plans von Dark Gaias. Wir erfahren immerhin auch nicht, was das ganze Gewese um Pandoras Box sollte, wie das Teil funktioniert und warum das nicht auch einfacher vonstatten ging.
Mit anderen Worten: nichts Genaues weiß man nicht.

Manch einer wird einwenden, dass Terranigma mutig genug ist, den Spieler mit einzubeziehen, realistischer wäre es wohl, anzunehmen, dass wir hier Lücken in der Erzählung haben, durch die ein Ozeandampfer hindurchkäme.